Как в космическом корабле в прозрачной емкости создать вакуум?

По вашему условию, корабль космический, значит находится вне атмосферы, соответственно, "прозрачную емкость" следует вынести за борт корабля или соединить ее с забортным пространством и выпустить из нее воздух. Все, задача решена.