Заике допустимо заменять слова при чтении вслух (обоснуйте)?

Нет, совершенно недопустимо. Читать надо так, как написано, иначе это уже не чтение, а пересказ, отсебятина. А также и неуважение не только к автору, но и к слушателям.

Учительница вряд ли не хочет его ждать, скорее всего он врет. Просто дети часто смеются над заиками и мальчик не хочет быть посмешищем.

Учительнице следует объяснить классу, что нехорошо смеяться над заиканием, а мальчику надо попросить родителей, чтобы отвели его к врачу. Заикание лечится.

А вот двойки за неправильное чтение - вполне справедливая оценка.

Кроме того, если он будет избегать трудных слов, то никогда в жизни не научится нормально говорить. Наоборот, надо постоянно тренироваться и тогда заикание может пройти.