Есть ли разница между словами: зачем и на фига, какая?

Конечно, разница есть. В стилистической принадлежности. "Зачем"- стилистически нейтральное слово, может употребляться в разных стилях: и художественном, и в разговорном, публицистическом, и ДР. А слово "Нафига"относится к разговорному стилю, это жаргонизм, который в научном или художественном (классическом литературном) стиле вряд ли будет уместно.