Почему химия такая сложная?

Причина очевидна.

И нет, это не стремление каких-либо исследователей, коварных заговорщиков или экспертов излишне усложнить химию. Просто такова реальность.

Это когда-то химики имели дело с очень простыми веществами в первую очередь. Сейчас же "передний край" химических исследований сталкивается с очень сложными по самой своей природе явлениями и феноменами.

Нестандартные состояния вещества. Сверхплотные и сверхсложные упаковки молекул. Вещества, появляющиеся под действием сверхмощных давлений и других экстремальных воздействий. Ультракороткоживущие (иногда менее триллионной доли секунды) вещества. Реакции при необычных условиях. Воспроизведение реакций, которые происходят внутри живых организмов, и понимание их сути, взаимосвязи, роли для живого вообще и конкретных видов, организмов в особенности.

Лишь ничтожно малая часть из всего этого затрагивается в школьных и даже вузовских учебниках по химии. Но всё равно сложно получается. Потому что проще - без примитивизации - уже никак невозможно подать необходимый материал.