Как лучше передать квартиру по наследству?

Оформите завещание.

В случае дарения квартира будет оцениваться как доход, и нужно будет заплатить налог в размере 13% от кадастровой стоимости на момент дарения.

При наследовании налог платить не нужно, а только госпошлину:

• для наследников первой и второй очереди – 0,3% от стоимости;
• для остальных наследников – 0,6%

(Источник: http://expert-nasled­stva.com/nalog-na-nas­ledstvo/)

Сын - это наследник первой очереди. Но могут быть и другие, по закону имеющие право на наследство. Поэтому дедушке лучше оформить завещание, в котором он имеет право передать все только сыну. Обязательно заверить у нотариуса.

Платить 0,3% как-то приятнее, чем 13%, правда?

А совсем не платить - вариантов нет.