Нужно ли пробивать чеки при выдаче зарплаты, суточных, подотчетных?

Для того, чтобы ответить на этот вопрос, необходимо внимательнее присмотреться к тексту измененного с июля 2018 года закона 54-ФЗ от 22 мая 2003 г. Обычно всякие там преамбулы и прочие тому подобные вещи мы читаем неохотно, а зря. Так, в статье 1.1 указанного закона дается определение такого важного в данном контексте понятия "расчеты".

Ну да по порядку. В соответствии с положениями первого пункта статьи 1.2 все того же нормативного акта

Далее идет описание этих самых случаев, являющихся исключением (текст приводить не буду, кому интересно, может ознакомиться с ним по ссылке выше). Как можно заметить, ни суточные, ни подотчетные, ни зарплата в списке исключений не поименованы. Так что же, нужно пробивать чеки в этом случае? А вот и нет. Вернемся к статье 1.1 и убедимся, что указанные в Вашем вопросе статьи расходов ден. средств под определение расчетов не попадают:

Таким образом, при выплате зарплаты и/или командировочных, равно как и при выдаче подотчетных денег, кассовый чек пробивать не требуется.