Что делать если начальник самодур, а работа нравится?

Если степень "самодурства" высокая и если Вы много проводите рабочего времени с начальником, то настоятельно советую уволиться и найти другую работу, даже если в другом городе или в другой области.

Я сам был в подобной ситуации, и по прошествии 7 лет, уехав за 1000 км, убежден, что поступил правильно!

Но правильнее было бы чтобы старейшие работники организации подняли хай, и уволили бы поганой метлой такого руководителя!

На моей работе очень много коллег уволилось в 2004-2005 году, почти треть (!) коллектива, хотя формально все было относительно неплохо, коллектив успешно съездил за границу, но людям было очень морально тяжело работать. Особым самодуром руководитель не был, более того, он делал немало и позитивных вещей, но он "продался" местному городскому и областному чиновничеству, плясал под их дуду и нас заставлял плясать, а еще он вел антихристианский образ жизни, нарушал многие заповеди.

Более подробно я писал в ответе на вопрос

Какой руководитель руководит вами на работе? Можете сказать-повезло?

а также в двух других ответах, ссылки на которые есть там ниже

Но у каждого человека свой жизненный путь! И может быть в Вашем случаи можно смириться и найти компромисс.

Но я знаю еще несколько очень печальных случаев, когда низкие нравственные качества руководителя небольшого научного коллектива приводили к печальным последствиям.