В каком месте и ли файле хранятся закладки в браузере Мозилла?

Файл places.sqlite в Вашем профиле Firefox. В этом же файле хранится Журнал посещений и история загрузок.

Папку профиля найти можно так: в Firefox меню Справка - Информация для решения проблем - в таблице есть строка Папка профиля - там указан полный путь к текущему профилю и есть кнопка Открыть папку.

По умолчанию путь к профилю C:\Users\<your Windows login username>\AppData\Ro­aming\Mozilla\Firefox­\Profiles\

Резервные копии закладок хранятся тоже в профиле в папке bookmarkbackups

(если автоматическое ежедневное создание резервных копий не было отключено).