В чём преимущество карты тройка над абонементом единый?

Вопрос не вполне корректен - "тройка" является лишь носителем, на который можно записать любые виды билетов.

"Единый" на число поездок просто невыгоден: даже по 20- и 40-поездочным билетам каждая поездка стоит дороже, чем по кошельку тройки, а 60-поездочный билет давно уже не существует в виде красного бланка, только записывается на тройку.

Кстати, с нового года 20- и 40-поездочные билеты упраздняются.

Тариф "90 минут" есть только на тройке: можно проехать 1 раз на метро и сколько угодно раз на автобусе/троллейбусе­/трамвае. А разовым билетом пришлось бы оплачивать каждую поездку, то есть в разы дороже.

А можно записать на тройку безлимитный билет - на месяц, квартал или год.

Деньги с тройки никуда не денутся: 5 лет с момента пополнения, а потом можно добавить хоть рубль - и 5 лет начнут отсчитываться заново. Тройкой можно оплачивать многие вещи, не связанные с городским транспортом: зоопарк, планетарий, аэроэкспресс, туалеты...

Так что преимущества тройки очевидны, недостатков я не вижу.