Большое ли имеет значение в какое время года метеорит падает в воду?

Практически никакого значения.

Энергия метеорита хотя и высвобождает тепловую энергию, но куда значительнее эффект самого удара. Что касается морей - разницы, практически, никакой - они не замерзают, плотность воды от температуры слабо зависит.

Если упадет в озеро, то лед на поверхности может причинить больший ущерб, если метеорит небольшой, а если большой - то тоже разницы никакой.

Да и пыль, пар будут оседать, примерно, с одинаковой скоростью.

Это все равно, что спрашивать, когда ущерб от ядерной бомбы больше - летом или зимой?

Ответ: учитывая, что он фатальный, без разницы