Почему именно Москва столица России, а не Киев или Новгород Великий?

Потому что этой деревней-деревней управляли грамотные князья, радели за её процветание и расширение Московского княжества. К моменту подъёма Москвы, Киев находился в стадии упадка. Великий Новгород всегда был особенным торговым городом: вечевой республикой. То есть управлялся не князем и избранными старостами концов (районов) города. Новгородцы стремились сохранить свою независимость, но не стяжали соседних областей. Князей приглашали для защиты города, но в управление их не допускали.

Москва возвеличилась во время монголо-татарского ига, так как московские князья сумели добиться от ханов Орды ярлыка на великое княжение, то есть права собирать дань со всей земли русской для ордынского правителя. За владение этим ярлыком с Москвой соперничала Тверь, в то время крупный и могущественный город. Но за Москвой было и благословение православной церкви, так как митрополит избрал своей резиденцией именно Москву. Позже именно Московский князь Дмитрий Донской сумел сплотить русские земли в борьбе с ордынским игом. Так что предпосылок к тому, что Москва стала столицей, было много.

Мне очень нравиться цикл "Государи Московские" Д. Балашова. В нём освещена история становления нашей столицы, начиная с Данилы Московского, который получил в удельное княжество некому неизвестный затеряный в лесах городишко.