Какая должна быть файловая система на USB флешке FAT32 или NTFS, почему?

Смотря для каких целей вы собираетесь использовать флешку. Если для переноса и хранения компьютерных файлов, то предпочтительнее NTFS.

А вот для использования с аудиосистемами эта файловая система не подойдёт. К примеру большинство автомагнитол, ресиверов с возможностью записи и даже телевизоров с возможностью подключения USB накопителя, NTFS просто не распознает и не сможет прочесть. Здесь только FAT32