Могут ли военные применять оружие при нападении на них гражданских?

Конечно могут, иначе по всех войнах побеждали бы гражданские, ну или солдаты переодетые в гражданскую одежду а при нападении на него военный имеет право и против своего сослуживца (командира) применить оружие, можете в этом не сомневаться.