Почему населением городов считается только те, кто зарегистрирован?

Потому что те, кто не зарегистрирован, зарегистрированы в других местах.

Потому что те, кто не зарегистрирован, считается гостем или временно проживающим.

Потому что тех, кто не зарегистрирован, посчитать просто нельзя.

Чтобы не портить статистику там, где люди еще борются за то, чтобы место их регистрации не считалось полностью заброшенным и покинутым. Например, деревня в 100 км от города, откуда сбежали все, кроме самых упрямых старух и стариков. По регистрации - там человек 200, реально - 5, в результате чего туда строят дороги, мосты, обеспечивают общественный транспорт, вместо того, чтобы просто переселить упрямцев.