Как насчитывается зарплата, если работник назначен исполняющим обязанности?

Зависит от должностного регламента должности, которую вы сейчас замещаете. Если в нем прописано, что вы исполняете обязанности отсутствующего начальника, то зарплата начисляется вас как обычно, без изменений. В приказе о возложении на вас и.о. обычно указываются сведения об оплате в период возложения, если в должностном регламенте нет сведений о замещении должности.