Есть ли программы для клонирования только системы с одного HDD на другой?

Ну, и как вы себе это представляете? Чем системный файл отличается от пользовательского? Особенно, если система Windows, и винда сама не знает, какие файлы ей нужны, какие нет. Самый простой способ тут: нужные файлы перенести на внешний накопитель, все программы удалить через панель управления, все, что ненужно - тоже удалить, все, что осталось - перенести тем же акронисом. Хотя лично я не вижу смысла в таком геморрое, система сновья ставится за 10 минут, плюс драйвера полчаса, потом обновления постепенно ставишь, полтора часа на все. Ну, так это будет новая нехоженая система. Так и так ее менять нужно периодически, потому что Windows свои директории забивает мусором, который никак не убирается, то же и реестр. Для домашнего компьютера иногда систему переустанавливать надо. Установить на новый диск новую систему и голову не греть.