«…скучно с ней, также как было скучно…» — правильно ли написано?

Слово "также" - частица речи для выражения добавления. "Надо взять с собой инструменты - молоток, пилу, гвоздей как можно больше, а также ножницы и прочие швейные принадлежности". "Единая Россия не возражает против поднятия пенсионного возраста, ЛДПР также согласна". Как мы видим, в вашей фразе нет добавления.

В Вашей фразе должно быть так, как Вы и предполагаете.

Потому что здесь - сравнение, выражающееся через словосочетание "так же, как".