Могу ли я сама решить где проходить диспансеризацию?

Вы путаете понятия.

Диспансеризацию граждане проходят по месту жительства (в прикрепленной поликлинике), абсолютно добровольно. Нет желания - заставлять не будут.

Регулируется Приказом Минздрава 869н.

То, что требует начальник - предварительный и периодический осмотры. Для допуска к работе в какой-то сфере необходимы определенные медицинские заключения. Этот осмотр организовывает работодатель. Естественно, он заключает договор с медицинской организацией, которая имеет лицензию на проведение таких медицинских осмотров. Там сотрудники и проверяют здоровье, а по результатам врачи дают заключение - допускать или отстранить.

Приказ 302н. В Приложениях к нему перчня работ можно найти свою и посмотреть, что положено пройти.