Почему в журнале посещений ISP по 2 одинаковых строки от каждого перехода?

Строки не одинаковые, у них отличается версия протокола HTTP (HTTP/1.0 и HTTP/1.1). Это происходит из-за выставления специфических настроек на сервере (смена протокола при использовании HTTP/1.0).

Получается, это своеобразный редирект. Время одинаковое лишь потому, что время в журнале отображается лишь с точностью до секунд. А за одну секунду могут произойти сотни редиректов.

Так что стоит посмотреть настройки сервера, решить, нужно ли данное перенаправление, и принять решение о выключении.

Хотя если проблема в превышении ресурсов, значит, либо куплен очень уж слабый сервер, либо наблюдается серьёзная проблема в оптимизации кода. Потому что обычно даже при "тяжёлых" скриптах ядро процессора вообще почти "отдыхает", а оперативка раздувается незначительно.

Проверьте, возможно Вы работает с очень большими объёмами данных и оставляете их в "памяти".