Что писать в графе родителей на сайте Госуслуг, если один из них умер?

Данные родителей (ФИО и пр.) хоть при замене паспорта на сайте ГосУслуг, хоть в другом месте требования необходимо указывать фактические. Это юридически, как национальность. Независимо от факта их жизни или смерти в настоящий момент. Это наша идентификация, константа, неизменные факты.

Оно и логично, даже если их нет в живых, от этого они не перестают быть нашими родителями.