Почему в банкоматах не выдают купюры достоинством ниже 100 рублей?

Не во всех банкоматах.

Многие банки выдают через свои банкоматы купюры и по 50 рублей.

Лично знаю несколько таких банков.

А вот банки-гиганты уже действительно не выдают купюры номиналом менее 100 рублей.

Все зависит от набора банкоматных кассет - не все виды банкоматов содержат кассету номиналом в 50 рублей.