Откуда произошло слово секир-башка? Что означает?

Это тюркское наследие, вероятнее всего последствие татаро-монгольского нашествия или последствия присоединения к Московской Руси тюркских племен Кавказа, Поволжья, Сибири...

"Секира" - топор, "башка" - голова... Секира использовалась часто именно для казни через усекновение головы.