Почему люди вместо того,чтобы сказать не понимаю, говорят, не совсем понял?

Ответ "не понимаю" означает что собеседник не понял ничего, то есть, вся ваша речь для него не несет информации.

Ответ "не совсем понял" означает что собеседник не уловил каких-то деталей в вашей речи. Обычно, уточняется какие это детали.