Почему Кёнигсберг был назван именно в честь М. И. Калинина?

Потому что он очень "вовремя" умер как раз в тот момент, когда решался вопрос о переименовании Кёнигсбергской области РСФСР (каковой она была первый год своего существования) во что-то более нейтральное. Из всех предложенных вариантов был выбран Балтийск и Балтийская область, но буквально накануне принятия решения от рака кишечника скончался Калинин и Сталин решает изменить Балтийск на Калининград.