Почему происходит дублирование при переходе с http на https? Как исправить?

Не совсем понятно, какие именно дубли вы имеете в виду, если дело в том, что вас напрягает наличие страниц, которые еще остались доступны по протоколу http, то используйте относительные, а не полные ссылки, но еще можно вместо http:// перед адресом ставить //: и останется только в шапке сайта поправить ссылки, тогда и то, что ниже, будет выводиться в нужном вам формате, ну и конечно же необходимо сделать редирект с http на https в .htaccess вашего сайта, тогда постепенно все поисковики станут видеть только страницы сайта через защищенное соединение