Почему в начале 50-х Сталин начал массовые чистки в МГБ (см)?

Что значит "начал"? Эти чистки никогда и не прекращались. Они шли с начала 30х годов (процессы Промпартии и аналогичные прошлись и по чекистам), ну а на 1937-38 пришёлся пик. Можете легко найти, сколько кадровых чекистов было расстреляно в тридцатых... Так что чистки в последующие годы не то чтоб начались - они продолжились. Постоянная "ротация кадров" через подвалы Лубянки - нормальный способ удержаться у власти.

С ухудшением отношений это напрямую никак не связано. Отношения ухудшились даже раньше, практически сразу после войны. Фултонская речь Черчилля, которая считается началом Холодной войны, - это март 1946 года. С окончания войны в Европе и года не прошло. Связано было отчасти с тем, что и в Англии, и в США к власти пришли другие люди, не те, которые прошли всю войну. Черчилль проиграл выборы, Трумэн сменил скончавшегося Рузвельта, и новые руководители не испытывали перед СССР и Сталиным лично никакого благоговения, зато идеологию коммунизма на дух не переносили, и "советскую угрозу" воспринимали вполне всерьёз, даже если на самом деле её не существовало.