Помешает ли фрилансу запрет на анонимное пополнение электронных кошельков?

Да никак, я полагаю. Наличными эти кошельки обычно никто не пополняет - переводом с банковских карт, а такие операции полностью прозрачны для государственных интересантов. Совсем другое дело, что никто сейчас в налоговой не будет рыть рогом землю, доказывая коммерческий характер перевода на сумму 500 руб. от Васи Иванова Маше Сидоровой, что и составляет львиную долю оборота интернет-бизнесов (ибо навар в случае успеха составит аж 65 полновесных российских рублей, а времени сотрудников налоговой на отслеживание подобных мега-транзакций потрачено будет немало). Ну а если начнут - есть криптовалютные кошельки, на них законодательное творчество "дарагих рассеян", к счастью, не распространяется.