Это разные ведомства ФСБ и Прокуратура.ФСБ это спецслужба занимающиеся безопасностью интересов государства,борьбой с терроризмом,контразведкой итд.Прокуратура же является надзорным органом в отношении например полиции,ФСИН итд.Генеральный Прокурор и Директор ФСБ это генеральские должности в своих ведомствах и по мере возможностей сотрудничают между собой а где то существует и элементарная межведомственная неприязнь как например между ФСБ и полицией.Кто главнее определить невозможно,хотя на мой взгляд у Чекистов более развязаны руки чем у прокурорских.
автор вопроса выбрал этот ответ лучшим