Откуда взялся мем “NANI”?

Это не мэм, а калька с японского.

なに？ (Nani?) дословно "Что?".

Когда, где и кем из японцев был впервые было произнесен вопрос "что?" вряд ли получиться выяснить.

Однако же, можно смело говорить, что на просторы рунета в виде различных картинок с восклицательным вопросом "НАНИ??" калька проникла с японским аниме или кинематографом.