Можно ли молится за атеиста?

Можете. Бог есть любовь. Всесильному глубоко наплевать на завихрения в наших головах, ему нужны все, у кого есть сознание. Даже вера в то, что бога нет влияет на человека. То есть, опосредованно, несуществование бога влияет и на неверующих.

Главное, Вы имейте веру хоть с чечевичное зернышко, в то, что принесёте этим пользу.

Пути господни неисповедимы. Нам ли, смертным, знать - чего хочет всесильный, вездесущий, всезнающий вечный бог?