Почему даже длительное воздействие стабилизирующего отбора не приводит к полному фенотипическому единообразию в популяции?

Потому что новые мутации тоже возникают постоянно, и поэтому возникают и новые фенотипы, т. е. стабилизирующий отбор "не может угнаться" за мутационным процессом, хотя и достигается довольно большая степень фенотипического единообразия.
Кроме того, имеет место и модификационная изменчивость, которая не подвергается действию стабилизирующего отбора.