В чем различия в произношении и написании затранскрибированных слов и незатранскрибированных

Ну транскрипция применяют для того чтобы слова произносить правильно.
Вот несколько примеров
Имя пишется Оксана, а произносится Аксана.
Глагол пишется пошел, а звучит пошол