Можно ли человека считать термодинамической системой?

Да

Безусловно можно! Другое дело, что эти системы во многих отношениях сильно неравновесные (и сильно незамкнутые: все время идет интенсивный обмен с окружающей средой) . Поэтому бездумно применять к ним то, что применимо только к равновесным замкнутым системам. Для описания этих реакций можно использовать все фундаментальные законы термодинамики.