Но всё же было что-то таинственное и удивительное, что касалось этих девушек и чего я не мог понять. Почему поставили запятую, главные члены предложения ​

Сложноподчиненное предложение с придаточными изъяснительными. Основы:  подлежащее - что-то, сказуемое - было (главное предложение), подлежащее - что, сказуемое - касалось (первое придаточное), подлежащее - я , сказуемое - не мог понять (второе придаточное).