Почему инициативная группа КПРФ не прошла регистрацию в Москве (см.)?

Потому что именно такое развитие событий было вполне предсказуемым...

Разрешение на подготовку к референдуму не означает, что его действительно согласуют. Вместо прямого и лобового отказа избрана тактика изматывания и заматывания делопроизводственным­и барьерами. Всегда можно будет потом выйти и заявить что-то вроде "Мы бы и рады были провести референдум, но вот эти вот бяки, которые бумаги подавали, что-то не так сделали. Сами виноваты, плохо подготовились.". А так ли это было, или не так - точно неизвестно, точнее, известно только узкому кругу принимавших решение в избиркоме.

Всё будет делаться по закону, т.е. с максимально жёстким наблюдением за каждой запятой в документах, за каждым мельчайшим пунктом формальных правил.