Как почистить теплообменник на газовом котле Navien Ace 13 k?

Азотной кислотой ни в коем случае нельзя. Азотная кислота "сожрёт" всё, не только накипь, но и сам металл теплообменника.

Я не знаю, конкретного устройства Вашего котла, но это и неважно. Поскольку Вы "кипятили в лимонной кислоте", то понятно, что у Вас теплообменник содержит некие трубки, в которых (судя по всему), образовалась накипь. Для снятия накипи достаточно обработки раствором лимонной кислоты, просто Вы обрабатывали либо мало времени, либо не хватило кислоты. Для удаления 100 г накипи нужно 192 г кислоты (с учётом того, что по третьей ступени она очень слабая, и на неё рассчитывать не стоит.

Лучше всего обработать так: собрать временную схему из небольшой ёмкости, насоса, теплообменника и необходимого количества шлангов, и проциркулировать раствор лимонной кислоты в течение нескольких часов. Можно проще, наливать кружкой через воронку, самое главное, чтобы в трубке был поток раствора кислоты. Да и раствор кислоты делайте покрепче, желательно не менее 300-400 г в литре воды. Лимонная кислота не очень дорогая. В продуктовых магазинах продаётся кислота, расфасованная по 500 г и по 1000 г, цена килограмма около 300 рублей, так что не жадничайте, если хотите сохранить Ваш теплообменник.