Как объяснить расхождения в показаниях часов?

Тем. что не бывает ничего идентичного или полностью одинакового.

Ни в изготовлении шестерен, ни в изготовлении пьезокристаллов, ни в осях, корпусах, смазке и подшипниках, ни в коэффициенте сжатия пружин или весовых характеристиках любой из частей механизма, размера контакта, вольтажа батареи и условиях эксплуатации.

А любая их этих характеристик сказывается на устройстве в целом, чуть ускоряя илип тормозя, благодаря чему любые часы будут идти чуть быстрее или чуть медленнее, что будет заметно, если результаты отклонений складываются в определенную сторону.