В русском языке в технических терминах, связанных с магнитом, присутствует как буква е (магнетик, магнетизм, магнето, магнетрон), так и буква и (магнитогидродинамический, мегнитола, магнитометр, магнитострикция и др.). В "Грамматическом словаре русского языка" Зализняка (1977 год) по соседству присутствуют оба написания. А вот в "Орфоэпическом словаре русского языка" Аванесова (1989 год) есть только слово магнитометр. Так же пишется этот термин в соответствии с "Новым словарем иностранных слов" (2007 год). В Википедии - магнитометр, в Гугле с буквой и - 258 тысяч ссылок (хотя немало ссылок и на магнетометр). На портале http://gramota.ru - только магнитометр, а слово "магнетометр" указано как неправильное.