Правильно ли написано на упаковке слово миндаль в творительном падеже?

Правильно.

Сравните так же: завтрак с королём. Не коро́лем же. Тем более что ударение на ё...

В русском языке существует множество слов, в которых ударение не привязано к определенному слогу и при склонении по падежам перемещается, как в данном примере, в окончание.

К слову, в родительном и дательном падежах ударение тоже будет падать на окончание. Нет чего — миндаля, дать чему — миндалю.