Куда будут попадать вирусы, если работать в системе на другом диске?

В таком случае вирус запустится и в панике будет метаться по системе в поисках интересующих его файлов. Мало того, даже сама система будет мрачно глючить, пытаясь найти себя на диске C:. Так они с вирусом и будут носиться по всем файлам и папкам, в поисках папочки Windows (не забудьте не только установить на другой диск, но и переименовать папку Windows!)

Реально-же системе нет разницы, на какой диск она установлена. Всем своим директориям (и директориям пользователя) она применяет символические ссылки (вроде %SYSTEMROOT%, %USERPROFILE%, %TMP% и подобные). Данные этих ссылок доступны любому пользователю системы. Так что, запущенный вирус без проблем найдёт и завладеет интересующими его файлами, а если разрешить вирусу запуститься с правами администратора, то и системные файлы будут доступны для заражения.