Как сделать чтобы Mail.Ru Агент не запускался при включении компьютера?

зайтите в ветку автозагрузки в реестре и удалите соответсвующую запись оттуда. Для захода можно использовать как стандартные виндузовые средства так и сторонние программы. Возможно надо будет зайти еще и в службы, чтобы убрать (отключить хотя бы) соответствующую службу. Ну и на крайний случай, надо будет заглянуть в планировщик заданий, там тоже может быть запланирован запуск службы по времени. Хотя в отношении агента от Mail.ru будет достаточно и первого действия.