Чем отличаются заменитель масла какао и эквивалент масла какао?

Для простого обывателя разницы в этих словах нет. В самом деле, если какое-то вещество эквивалентно чему-то (в данном случае, маслу какао), то оно вполне может заменить его в конфетах или шоколаде.

Да и с филологической точки зрения

Но поскольку в составе конфет указаны оба эти компонента, не все так просто. Как выяснилось, разница между ними есть. И она - в хим. составе жиров, которые вместо какао-масла использованы.

Во втором случае - это пальмитиновая, олеиновая и др. жирные кислоты. Подробнее - см. в этом вопросе.

Не знаю, что написано было на упаковке конфет, о которых речь в вопросе, но например, в составе шоколада, изготовленного по ГОСТУ, разрешено использовать до 5% эквиваленты, причем

но нет ни слова о заменителях (а значит, недопустимо их применение в данных изделиях).

Безусловно, на конфеты (торты, мороженое) тоже есть свои стандарты. И у ответственных производителей они указаны. Если это не так - возникает вопрос, чем заменили тот или иной продукт, и остался ли он хотя бы в "минимальном" количестве.

Впрочем, ответ на этот вопрос иногда можно дать, даже не читая мелкие буквы. Достаточно просто попробовать, например, какие-то конфеты разных производителей.