Ожидать ли необоснованный отказ в приеме на работу?

Да, Вам скорее всего откажут. А в трудовой какие могут быть сведения, если Вы сами говорите, что была халтура и фриланс на протяжении длительного времени? Это же неофициально всё. То есть Вы сначала сами озвучили, что по сути не работали толком, так смысл им в Вашей трудовой? По поводу медосмотра тоже не всё так однозначно- работодатель может как компенсировать медосмотр, так и возложить расходы на соискателя. Это Вам нужна работа, а не отделу кадров, понятно, что особо на место дворника никто не рвётся, но и смысла им брать человека с сомнительным здоровьем (несмотря на то, что Вы считаете себя здоровым) тоже нет. И на будущее- о некоторых своих проблемах ( в том числе со здоровьем) лучше промолчать при устройстве на работу.