Что не так с Ил-96 и почему на нем летает только Президент?

Потому что этот самолёт опоздал. Увы.

К тому времени, когда Ил-96 уже готов был пойти в серию, российский рынок открылся для зарубежных самолётов. И так получилось, что Боинги и Эрбасы, даже и б/у, оказались для отечественных перевозчиков предпочтительнее - и технически, и экономически. Дешевле, меньше эксплуатационные расходы, больше ресурс.

Президентский борт - это всё ж особый случай. Президенту ядерной державы лучше летать на самолёте собственного производства просто потому, что там с гарантией нет никаких шпионских штучек.

А вот что "Президенту экономичность не сильно важна" - не соглашусь. Президент, между прочим, живёт на наши налоги, поэтому нам как налогоплательщикам вовсе не всё равно, как расходуются наши деньги.