Что произойдет про очистке папки Temp?

Папка Temp очистится от всякого 'мусора' - и всё. Далее он, 'мусор' опять начнёт там скапливаться. Те же файлы, что в данный момент будут хоть как-то использоваться операционной системой, будут заблокированы для очистки.

Потому эта очистка не приведёт ни к каким фатальным последствиям для операционной системы.