Что делать, если мы организация, работающая с НДС, а нам оплатили без НДС?

Подавать в суд, если не хотят они платить. В суде показать счет фактура, накладная или акт , на полную сумму, с НДС, а также платёжку с банка, и реестр налоговых накладных, где видно что налоговое обязательство по НДС с этой операции учтено в этом периоде, а задолженности по уплате в бюджет нет.

В иске требуйте просто сумму, не надо указывать, НДС это или нет, мол, вот по счету и или акту такая сумма, оплатили меньше.