Что делать, если 5-классник постоянно сидит за партой один?

Нет, это нехорошо, он может чувствовать себя изгоем. Возможно, у него мало контактов с одноклассниками или конфликты. Лучше кого-то подсадить к нему, желательно неконфликтную девочку. Это позволит ему лучше адаптироваться в классе и преодолеть изоляцию, в которой он оказался.