У студентов Москвы стипендия выше, чем у студентов других городов? Почему?

Возможно это зависит от прожиточного минимума - в каждом регионе он разный. Но, скажу вам, что в колледжах одного города и то стипендия разная.

Мы получали 800 (!) рублей, а студенты другого колледжа - 900.

А сейчас так вообще они получают 4500. Это потому что финансирование, выделенное на этот год осталось - вот они и раскидали сумму по студентам. Такая сумма будет не всегда, но ведь 4500 для студента уже что-то, а не простой поход в магазин за продуктами.

В ВУЗах минимальная стипендия - 1200 рублей.

Есть всякие социальные выплаты, материальная помощь, губернаторские/прези­дентские стипендии, но нужно потрудиться чтобы такие получить.

В общем, стипендия зависит и от конкретного учебного заведения (от честности его директора), и от региона с его прожиточным минимумом.