Почему фильтр SmartScreen защитника Windows блокирует файлы из Интернета?

Потому что не подписаны сертификатом майксософта, который кучу денег кстати в год стоит.

Как проверить есть ли вирусы в файлах и приложениях - virustotal в помощь

отключать не стоит - если файл не подписан стоит антивирусом проверить.