Что обозначает слово федеральный­ в данном случае?

Это не значит, что «государственная» сеть. Скорее всего, здесь имеется ввиду, что это сеть табачных магазинов крупного масштаба. Ну то есть представленная по всей Российской Федерации, во всех федеральных округах.